Exchange Onlineには、悪意のある攻撃からシステムを防御するための「スロットリング」という仕組みが動いています。

Exchange Online で “Micro delay applied” という警告文が表示される、またはスクリプトやコマンドレットの実行に時間がかかる
https://support.microsoft.com/ja-jp/help/2881759/micro-delay-applied-warning-or-delays-when-you-run-scripts-and-cmdlets

しかし、ユーザー展開時など設定変更も含めて多数のコマンドをPowerShellから実行する場合、
Exchange Onlineはそれを攻撃と認識してしまい作業を阻害することがある。

あらかじめ作業スケジュールを組む際にもこれを考慮しないと実作業時間と想定に大きなずれが発生するため、このような仕様を理解し回避策を先回りで行っておく必要があります。
（詳細は上記リンク先を参照）
テスト時は少数アカウントなので上手くいっても本番で数百～数千ユーザーを対象に作業をするとトラップにかかる可能性があるので特にクラウドサービス利用時には気を付けましょうね。